G-quadruplex

En G-quadruplex (G4) er en fire-strenget sekundær struktur, der kan optage nukleinsyrerne ( DNA eller RNA ), der er rige på rester af guanin . Denne struktur er baseret på parring af baser af typen Hoogsteen, der danner en bakke med fire rester af guanin (G), også kaldet "nibble". Den parallelle og uafbrudte stak af mindst to kvartetter, interkaleret af en monovalent kation ( natrium eller kalium ), der stabiliserer strukturen, udgør G4. Dette involverer en primær DNA-struktur indeholdende fire par G'er, som kan ligge på det samme DNA-molekyle (intramolekylær G4) eller på forskellige DNA-molekyler (intermolekylær G4).

Opdagelse og karakterisering

G-kvartetter og G-quadruplexer blev først karakteriseret i 1962 af røntgendiffraktion . De er blevet undersøgt detaljeret in vitro , og det er blevet vist, at de dannes under fysiologiske saltholdigheds- og pH-betingelser, og at mange proteiner er i stand til at fiksere, stabilisere eller tværtimod udrulle disse strukturer in vitro .

G-quadruplexes findes i levende ting

Ud over telomerer har bioinformatikundersøgelser afsløret en stærk tilstedeværelse af sekvenser, der potentielt er i stand til at danne G-quadruplexer i alle de genomer, der hidtil er analyseret (mere end 270.000 hos mennesker). Disse sekvenser er stærkt beriget på bestemte loci, især på niveauet af promotorerne , og i 5'-UTR-enden af messenger-RNA'erne, og dette vedrører mere specifikt visse klasser af gener , mens andre mangler dem. Dette antyder en bevaret rolle af transkriptionel kontrol , splejsning eller translation for disse sekundære strukturer. Ud over denne formodede rolle ved kontrol af genekspression ser G4'er ud til at være involveret i mange andre cellulære processer, såsom ribosombiogenese og ribosomal RNA- modning , homolog rekombination , regulering af telomerstruktur og inhibering eller initiering af replikation af ribosomale DNA'er og telomerer . Inddragelsen af ​​G4 i disse mekanismer, hvor DNA åbnes aktivt, stemmer overens med ideen om, at G4 kun kan dannes, når DNA (eller RNA ) er i enkeltstrenget form .

Flere undersøgelser har for nylig vist direkte eller indirekte eksistensen af ​​G-quadruplex i levende organismer. I ciliater ved direkte visualisering ved anvendelse af ekstremt fine antistoffer mod G-quadruplex dannet af telomerer af Stylonychia lemnae samt rollen af ​​to telomere proteiner (TEBPa og ß) i dannelsen af ​​denne struktur, der viser en vigtig rolle for G-quadruplex i telomer metabolisme. Hos mennesker er eksistensen af ​​G-quadruplexes påvist ved anvendelse af ligander, der specifikt binder telomere G-quadruplexes. I bakterier er dannelsen af ​​G-quadruplex under transkription blevet påvist ved elektronmikroskopi i E. coli. Et studiefelt af G-quadruplexes ligger også i deres live visualisering i en levende celle, især via spektroskopimetoder .

Noter og referencer

  1. GELLERT M, LIPSETT MN, DAVIES DR. Helixdannelse med guanylsyre. Proc Natl Acad Sci USA . 1962 15. december; 48: 2013-8
  2. Parkinson GN, Lee MP, Neidle S. Krystalstruktur af parallelle quadruplexer fra humant telomert DNA. Natur . 2002 20. juni; 417 (6891): 876-80. Epub 2002 26. maj.
  3. In vivo veritas: Brug af gær til at undersøge de biologiske funktioner af G-quadruplexes. Johnson JE, Smith JS, Kozak ML, Johnson FB. Biokemi . 21. februar 2008
  4. (i) Anne-Laure Valton et al. , "  G4-motiver påvirker oprindelsespositionering og effektivitet i to hvirveldyrsreplikatorer  " , EMBO J. , bind.  33 (7),1 st april 2014, s.  732-746
  5. Schaffitzel C, Berger I, Postberg J, Hanes J, Lipps HJ, Plückthun A. In vitro-genererede antistoffer, der er specifikke for telomert guanin-quadruplex DNA reagerer med Stylonychia lemnae macronuclei. Proc Natl Acad Sci USA . 17. juli 2001; 98 (15): 8572-7
  6. Paeschke K, Simonsson T, Postberg J, Rhodes D, Lipps HJ. Telomer-endebindende proteiner styrer dannelsen af ​​G-quadruplex DNA-strukturer in vivo. Nat Struct Mol Biol . 2005 okt; 12 (10): 847-54
  7. Gomez D, Paterski R, Lemarteleur T, Shin-ya K, Mergny JL og Riou JF Interaktion mellem telomestatin og det telomere enkeltstrengede overhæng. J Biol Chem . 2004 1. oktober; 279 (40): 41487-94.
  8. (en) Giulia Biffi et al. , "  Kvantitativ visualisering af DNA G-quadruplex-strukturer i humane celler  " , Nature Chemistry , bind.  5,20. januar 2013, s.  182-186
  9. Duquette ML, Handa P, Vincent JA, Taylor AF, Maizels N. Intracellulær transkription af G-rige DNA'er inducerer dannelse af G-sløjfer, nye strukturer indeholdende G4 DNA. Genes Dev . 2004 1. juli; 18 (13): 1618-29.
  10. (en) Aurelian Laguerre et al. , “  Direkte visualisering af både DNA og RNA quadruplexes i humane celler via en usædvanlig spektroskopisk metode  ” , Scientific Reports , bind.  6: 32141,18. august 2016

Bibliografi

Akademiske pressemeddelelser

Hjemmesider dedikeret til G-quadruplex

G-quadruplex forudsigelsesværktøjer