De retrotransposoner tilhører den store familie af transposable elementer (RNA mellemliggende klasse I elementer). De svarer til endogene DNA-sekvenser, der er i stand til at bevæge sig og frem for alt at multiplicere i genomets vært, hvilket giver anledning til dispergerede gentagne sekvenser . De adskiller sig fra transposoner (klasse II af transponerbare grundstoffer) ved hjælp af deres RNA (og ikke DNA) formidler. Præfikset kommer fra det faktum, at retrotransposoner går "omvendt" af det centrale dogme af DNA, fordi deres RNA er "retro" - transskriberet til DNA. Nogle af dem, LTR ( lang terminal gentagelsessekvens ) retrotransposoner , er relateret til retrovira , men uden at være smitsomme.
Klassen af retrotransposoner er meget vigtig med hensyn til mængde og kvalitet. Baseret på både strukturelle forskelle og tilstedeværelsen eller fraværet af lange terminale gentagne regioner ( LTR'er ) skelner vi mellem to klasser af retrotransposoner: retrotransposoner med LTR eller uden LTR. Disse to klasser af elementer adskiller sig også efter deres integrationsmekanisme.
Disse elementer ligner retrovirus i deres replikationscyklus og struktur. Som sidstnævnte koder aktive LTR-retrotransposoner hovedsageligt og generelt for to proteiner af gag- og pol- typen . Imidlertid har retrotransposoner kun en intracellulær cyklus, det vil sige, de kan ikke inficere nabocellen, som retrovirus gør. Imidlertid er viralignende partikler af sigøjnerelementet i Drosophila melonogaster , renset på saccharosegradienter, i stand til at inficere celler, der er i kontakt med dem. denne infektiøse kapacitet gives ved tilstedeværelsen af et 3 e- hovedprotein, kuvertkodning. Denne kuvert er teoretisk til stede i visse LTR-retrotransposoner, tæt på sigøjner . Derudover findes retrotransposoner i alle eukaryoter (alle organismer sammensat af kerneceller i modsætning til prokaryoter), mens retrovirus kun er blevet fundet i øjeblikket hos dyr (lille del af eukaryoter).
LTR retrotransposoner selv er generelt opdelt i fire grupper: TY1 / copia , Ty3 / gypsy, dirs og BEL. Vi tilføjer undertiden LARD'er og TRIM'er i planter, hvor DIRS og BEL er fraværende. Der er stor variation inden for disse grupper:
Elementer, der tilhører denne klasse, har og bruger også omvendt transkriptase . Deres replikationscyklus adskiller sig fra retrotransposoner . CDNA-syntese finder ikke sted i cellens cytoplasma, men direkte på stedet for indsættelse af den nye kopi: en DNA-streng fra målstedet spaltes af endonukleasen af elementet, MRNA er knyttet til det, tillader omvendt transkription af en streng. MRNA'et fjernes derefter, hvilket giver plads til syntesen af den anden DNA-streng. Denne mekanisme kaldes Target-Primed Reverse Transcriptase (eller TPRT). Retrotransposoner uden LTR er opdelt i fem grupper: R2, L1, RTE, I og Jockey. Deres fylogeni er kompleks, fordi denne klasse indeholder et stort antal elementer.