Den kroniske , det vil sige udviklingen af bivirkninger fra langvarig eksponering for et forurenende stof eller en anden faktor stress er et vigtigt aspekt i akvatisk toksikologi. De skadelige virkninger forbundet med denne toksicitet kan være direkte dødelige, men er oftere kun subletale; disse inkluderer ændringer i vækst, reproduktion eller adfærd. Kronisk toksicitet er i modsætning til akut toksicitet, som opstår over en kortere periode og i højere koncentrationer. Forskellige toksicitetstest kan udføres for at vurdere den kroniske toksicitet af forskellige forurenende stoffer, og de spænder typisk over mindst 10% af en organisms levetid. Resultaterne af kroniske akvatiske toksicitetstest kan bruges til at fastlægge retningslinjer og regler for vandkvalitet til beskyttelse af vandorganismer.