Den snRNA U6 er en lille kerne-RNA ( lille kerne-RNA eller snRNA, på engelsk) i sammensætningen af små nukleare ribonukleoprotein U6. Det kombineres med andre snRNP'er, umodificeret præ-messenger RNA og forskellige andre proteiner til dannelse af et spliceosom , et vigtigt ribonukleoprotein- molekylært kompleks, der tillader, at præ-messenger RNA- splejsning finder sted. Splejsning eller fjernelse af introner er et stort trin i post-transkriptionel RNA-behandling og finder primært sted i kernen i eukaryoter .
Af de fem snRNA'er, der er involveret i spliceosomet, er U6 snRNA-sekvensen den mest konserverede på tværs af arter, hvilket tyder på, at dens funktion har været både afgørende og uændret gennem hele evolutionen .
Mange kopier af U6-genet eller afledte pseudogener findes ofte i genomet hos hvirveldyr . Denne udbredelse af " back-up " viser også dens betydning under udviklingen for organismernes levedygtighed.
Genet, der koder for U6, er blevet isoleret fra mange organismer, såsom C. elegans . Bagegær ( Saccharomyces cerevisiae ) bruges almindeligvis som modelorganisme i studiet af ssRNA'er.
De sekvenser af baser U6 snRNA s tillader det at binde tæt til snRNA U4 og vagt i snRNA U5 til dannelse af en trimer i den indledende fase af splejsningsreaktionen. Efterhånden som reaktionen skrider frem, frigøres U6 snRNA gradvist fra U4 og binder sig til U2 snRNA . På hvert trin i denne reaktion gennemgår den sekundære struktur af U6 vigtige konformationsændringer.
Forbindelse af U6 til 5'-enden af intronet ved baseparring under splejsningsreaktionen sker før mellemliggende lassodannelse og er nødvendig for, at splejsningsprocessen finder sted. Associeringen af U6 med U2 ved baseparring udgør U2-U6-komplekset, en struktur, der inkluderer det aktive sted i spliceosomet .
Selvom der er enighed om den sekundære struktur, der menes at være begrænset til et kort segment af 5' -stammeløkkestrukturen , er modeller af meget større strukturer blevet foreslået til specifikke organismer såsom gær. Ud over 5'-sløjfen kan alle U6'er danne en stang ved intramolekylær tilknytning til 3'-sløjfen
U6 snRNA er kendt for at danne et langt basepar med U4. Denne interaktion har vist sig at udelukke muligheden for intern parring med 3'-sløjfen.
U6 ssRNA, når det er frit, kan associeres med Prp24- og LSms- proteiner . Det antages, at Prp24-proteinet danner et mellemkompleks med U6 snRNA, der letter den vigtige parring mellem U4 og U6, og LSms kunne hjælpe Prp24-proteinet med at parre. Den omtrentlige placering af bindingsdomænerne for disse proteiner blev bestemt, og de blev derefter visualiseret under et elektronmikroskop . Denne undersøgelse antyder, at Prp24-proteinet binder til 3'-enden af den frie form af U6 i dets uridinrige område ved at passere gennem en LSms-ring.