De slag Villmergen udstenede de reformerede kantoner mod de katolske kantoner i Forbund af XIII kantoner i Schweiz på24. januar 1656 og 24. juli 1712på Villmergen kommune .
Den første kamp var en af de afgørende slag i den første krig i Villmergen forårsaget af et forsøg på at reformere konføderationen i 1655, men operationen mislykkedes på grund af katolsk modstand. Den politiske konflikt på baggrund af reformationen mellem Zürich og Schwyz eskalerede. Zürich bad sine allierede hurtigst muligt om at erklære krig mod de katolske kantoner. Zürichs tropper under ledelse af general Rodolphe Werdmüller belejrede forgæves byen Rapperswil, mens de katolske tropper, under kommando af Christophe Pfyffer fra Altishofen, skar forbindelserne mellem Zürich og Bern ved hurtigt at slå de bernesiske soldater i Villmergen i Aargau på24. januar 1656. Fjendtlighederne ophørte den20. februar og Villmergen-traktaten fra 7. martsgendannede status quo til styrke inden konfliktens start. Denne situation vendte til fordel for de katolske kantoner, da reformationen ikke havde været i stand til at komme videre. En revision af den anden fred i Kappel kunne således ikke finde sted.
I 1712 tjente Bern og Zürich fordel af en konflikt mellem Saint-Gall og dens protestantiske undersåtter Toggenburg . Sådan begyndte Toggenburg-krigen . Slaget ved Villmergen, der fandt sted den25. juli 1712er et afgørende møde i denne krig. Protestanterne vandt katolikkerne, der mistede 2.000 mand. Sejren sluttede katolsk hegemoni på schweizisk territorium takket være "Aaraus fred". Ligestillingen af tilståelser strækker sig i de almindelige bailiwicks. Den religiøse konflikt ville dog simre indtil Sonderbund-krigen i 1847, som førte til det schweiziske forbund .
Berner- og Zürich-tropperne, der sejrede, greb biblioteket til klosteret Saint-Gall . Hvis Bern senere returnerede stjålne varer, opbevarede Zürich nogle af byttet, især manuskripter og en astronomisk klode. Dette problem blev først løst i 2006, da det var takket være Pascal Couchepins indblanding, at de to kantoner fandt et kompromis. Ejerskabet af objekterne forblev i Zürichs hænder, men en række manuskripter var på langtidslån til St. Gallen. Globus er stadig i Landesmuseum i Zürich, men en bekræftet kopi skal doneres til St. Gallen.