Den flag af Zanzibar har ændret sig mange gange, afhængigt af de skiftende regeringer.
Zanzibar-sultanatet
6. april 1861 - 1890
Protektoratet på Zanzibar
1890 -10. december 1963
Zanzibar-sultanatet
10. december 1963 - 12. januar 1964
Folkerepublikken Zanzibar
Januar 1964
Folkerepublikken Zanzibar
12. januar 1964 - 26. april 1964
Zanzibars revolutionære regering
26. april 1964 - I gang
Den Pemba brugte sit eget flag18. januar 1964i slutningen af måneden under Folkerepublikken Pembas eksistens .