Kvantitative karakterplaceringer

Et kvantitativt træk locus ( LCQ eller QTL for kvantitativt træk loci ) er et større eller mindre område af DNA, der er tæt forbundet med et kvantitativt træk , dvs. en kromosomregion , hvor en eller flere gener er placeret. Ved oprindelsen af ​​den pågældende karakter .

Den nedarvning af kvantitative egenskaber henviser til en fænotypisk egenskab , som varierer efter grader, og som kan tilskrives interaktionen mellem to eller flere gener og deres omgivelser (også kaldet polygen arv).

QTL'er kan identificeres "  molekylært  " ( for eksempel ved PCR ) for at hjælpe med at kortlægge regioner i genomet, der indeholder gener involveret i specifikationen af ​​et kvantitativt træk.
Dette bidrager til identifikation, annotering og sekventering af disse gener eller gener kaldet "gener af interesse".

Kvantitativ karakter

Et træk, der udviser kontinuerlig variation inden for en population (kvantitativt træk) antages at være kontrolleret af flere gener med svag effekt: infinitesimal model. Imidlertid har det vist sig, at et par store gener (QTL) kunne deltage signifikant i denne variabilitet (oligogen model).

QTL-analyse

QTL-analyse søger at karakterisere den genetiske arkitektur af en type træk: det vil sige at bestemme antallet af regioner i det involverede genom såvel som deres positioner og effekter. Denne tilgang er baseret på den kombinerede analyse af molekylær information og en kvantitativ karakter ved adskillelse af afkom. Det gør det muligt at statistisk teste forbindelsen mellem genetisk variation (såsom molekylære markører) og fænotypisk variation. Hvis denne test er signifikant, fremhæves en QTL.

Med udgangspunkt i en simpel markøranalyse (envejs variansanalyse) har QTL-analyse udviklet sig til stadig mere komplekse metoder:

  1. "interval kortlægning" (IM): brug af information fra det genetiske kort til at placere QTL'er langs genomet
  2. "sammensat interval kortlægning" (CIM)
  3. "multiple interval mapping" (MIM), der tager højde for kofaktorer (markører, der er signifikant associeret med tegnet)

Ud over disse klassiske metoder er der også udviklet Bayesiske tilgange, men de er stadig lidt anvendte i planter for øjeblikket.

Som med alle statistiske analyser er stikprøvestørrelsen en kritisk faktor. For små stikprøvestørrelser er risikoen for ikke at opdage en QTL med lav effekt stor. Dette overvurderer derfor effekten af ​​dem, der opdages. Dette kaldes almindeligvis "Beavis" -effekten.

Noter og referencer

  1. (in) Fisher RA, Den genetiske teori om naturlig selektion , Oxford University Press,1930
  2. Bartholomé Jerôme, genetisk determinisme af vækstdynamikken og den isotopiske sammensætning af kulstof i Eucalyptus som reaktion på miljøvariationer ,2014
  3. (in) Broman KW, "  Gennemgang af statistiske metoder til QTL-kortlægning i eksperimentelle krydsninger  " , Lab Animal ,2001
  4. (in) Zou W, Zeng ZB, "  Statistiske metoder til QTL-kortlægning af flere  " , International Journal of Plant Genomics ,2008
  5. (in) Jansen RC Stam P "  Høj opløsning af kvantitative træk i multiple loci gennem interval kortlægning  " , Genetik ,1994
  6. (in) Zeng ZB, "  Precision mapping of quantitative trait loci  " , Genetics ,1994
  7. (i) Kao CH, Zeng ZB, Teasdale RD, "  Multiple Interval Mapping for Quantitative Trait Loci  " , Genetics ,1999
  8. (i) Zeng ZB, Kao CH, CJ Basten, "  Estimering af den genetiske arkitektur af kvantitative træk  " , Genet Res ,1999
  9. (en) Yi N, Shriner D, "  Fremskridt med kvantitativ trækkortlægning af Bayesian multiple loci i eksperimentelle krydsninger  " , Arvelighed ,2007
  10. (in) Ball RD, "  Bayesian Methods for Quantitative Trait Loci Mapping Based on Model Selection: Approximate Analysis Using the Bayesian Information Criterion  " , Genetics ,2001
  11. (in) Beavis WD, "  QTL-analyse: kraft, præcision og nøjagtighed  " , Molekylær dissektion af komplekse træk ,1998

Se også

Relaterede artikler

eksterne links

Bibliografi