Den makrofaunaen refererer til dyr, hvis størrelse varierer mellem 4 og 80 mm , nok til let at kunne skelnes med det blotte øje. Dens modsatte er mikrofauna (ikke synlig med det blotte øje).
Makrofaunaen (makro-leddyr inklusive store insektlarver, de fleste myriapoder og regnorme, bløddyr) inkluderer individer, der for det meste lever i kuldet eller graver sig i jorden i en dybde på 50 cm til 5 mr. Det kan ændre jordens fysiske struktur ved at grave gallerier eller indtage jorden.