Genetisk markør

Den genetiske markør er et gen eller en polymorf DNA- sekvens, der let kan påvises ved et kendt sted på et kromosom . Det kan bruges i genetisk kortlægning til at "mærke" genomet og identificere enkeltpersoner eller arter.

Den genetiske markør kan beskrives som en variation (som kan forekomme på grund af mutation eller ændring af genomiske loci ), som kan observeres. En genetisk markør kan være en kort DNA-sekvens, såsom en sekvens omkring et enkelt basepar (enkelt nukleotidpolymorfisme, SNP ) eller gentagne sekvenser ( VNTR ), såsom minisatellitter .

Indtil 1980 var genetiske markører morfologiske, fordi de kun var baseret på polymorfe gener kortlagt fra analysen af fænotyper . Nye bioteknologier ( PCR osv.) Tillader direkte analyse af polymorfismen af ​​DNA-sekvenser for at udarbejde et genetisk kort ( molekylære markører - direkte DNA - eller biokemisk).

Typer af markører

Der er forskellige slags markører:

• RFLP , restriktionsfragmentlængde polymorfisme,
• AFLP , forstærket fragmentlængde polymorfisme
• SSLP , enkel sekvenslængde polymorfisme
• RAPD , tilfældig amplifikation af polymorf DNA
• SNP , nukleotidpolymorfisme,
• SSCP , enkeltstrenget konformationel polymorfisme
• EST , udtrykt sekvensmarkør,
• CNV , variation af antallet af kopier,
• VNTR , gentagen sekvens
  • SSR (simpel sekvens gentagelse) eller mikrosatellit polymorfisme ,
  • minisatellit ,
  • STS , sekvensmærket websted

Egenskaber

Ifølge Bretting og Widrlechner (1995) er de ideelle betingelser for en genetisk markør:

• være polymorf for at være i stand til let at skelne mellem individer eller slægter;
• være relativt "neutral", både med hensyn til værdien af ​​det undersøgte træk og den selektive værdi  ;
• være kodominant for at skelne heterozygoter fra homozygoter  ;
• være et simpelt nedarvet mandelsk træk ;
• ikke være pleiotropisk eller epistatisk  ;
• være spredt langs genomet;
• ikke være knyttet til en anden markør;
• være stabil uanset udviklingsstadiet
• ikke har nogen indflydelse på vækst eller seksuel reproduktion
• være let observerbar uden mulig tvetydighed
• være billig;

Klassificering af markører

De kan klassificeres i tre grupper afhængigt af om de afslører:

• den codominance eller dominerende allel
• polymorfisme af sekvenser eller gentagne enheder
• et locus , en bestemt region eller hele regioner ( genetisk profil , mættede genetiske kort ).

Noter og referencer

1. Daniel Prat & al, genomanalyse og forvaltning af skovgenetiske ressourcer [ læs online ] , pp. 73-74, red. Quae, 2006, 456 s. ( ISBN  2738012272 ) .
2. D. De Vienne og S. Santoni , "  De vigtigste kilder til molekylære markører  ", molekylære markører i genetik ,1998, s.  49-79

Ikke forveksles

• Markørgen , der tjener som en kontrol for genetisk transformation,
• Biologisk markør , vidne til økologiske forstyrrelser,