Et replikon er et molekyle af DNA eller RNA eller en region af DNA eller RNA, som kan replikeres fra et enkelt replikationsorigin (ori).
Replikonen er enheden af dobbeltstrenget DNA-replikation .
I de fleste prokaryoter repræsenterer replikonen hele kromosomet . Der findes dog undtagelser i archaea, hvor to arter af Sulfolobus indeholder tre replikoner, eller i bakterier, hvor visse arter har flere replikoner; dette er f.eks. tilfældet med: Rhodobacter sphaeroides , Vibrio cholerae eller endda Burkholderia multivorans . De såkaldte "sekundære" eller "tertiære" replikoner er ofte beskrevet som en blanding af "ægte" kromosom og plasmid og kaldes undertiden "kromider". Nogle arter af Azospirillum har 7 replikoner, såsom Azospirillum lipoferum, som har 1 bakteriekromosom, 5 "chromider" og 1 plasmid . Plasmider og bakteriofager replikeres normalt alene, men store plasmider i nogle gramnegative bakterier ser ud til at bære flere replikoner.
I eukaryoter er der flere replikoner pr. Kromosom. Definitionen af replikon er imidlertid forvirrende omkring mitokondrier , da disse har ensrettet replikation med to forskellige replikationsoprindelse .