GNU MCSim

Information

Udviklet af	GNU-projekt
Sidste version	6.2.0 (3. juni 2020)
Depositum	cvs.savannah.gnu.org/viewvc/?root=mcsim
Skrevet i	VS
Operativ system	GNU / Linux , BSD ( d ) , macOS og Microsoft Windows
Miljø	Tværplatform
Type	statistiksoftware
Licens	GNU GPL
Internet side	(en) Officiel hjemmeside

MCSim GNU er gratis software til simulering af matematik . Det gør det muligt at implementere og løse differentierede eller algebraiske modeller, at udføre statistiske beregninger af usikkerhed eller følsomhed for disse modeller ved hjælp af Monte-Carlo-metoden samt Bayesian-inferensberegninger ved hjælp af metoden med simulerede Markov-kæder . De nyeste versioner giver mulighed for termodynamisk integration og parallelisering på flere processorer.

Beskrivelse

GNU MCSim er en simulering og statistisk inferens værktøj (ved Monte Carlo metoder ) til systemer af algebraiske eller differentierede ligninger . Softwaren inkluderer en modelgenerator og en simuleringsmotor:

Modelgeneratoren gør det let at definere og vedligeholde en strukturel model, samtidig med at beregningstiden minimeres. Modellen skal først kodes ved hjælp af en simpel grammatik i ASCII- format , og generatoren bruges derefter til derefter at oversætte den til C-sprog . Fra version 5.3.0 kan den oprindelige model også kodes i SBML .

Simuleringsmotoren er et sæt rutiner, der skal kompileres og linkes til modellens C-kode for at producere en eksekverbar fil, der er specifik for den definerede model. Det er derefter muligt at køre simuleringer af strukturmodellen til et sæt betingelser og forskellige opgaver.

Softwaren bruger GNU videnskabelige bibliotek til bestemte beregninger .

Historisk

Udviklingen af GNU MCSim begyndte i 1991 i Berkeley, da Don Maszle og Frédéric Yves Bois oversatte til C og reorganiserede software, som Bois havde udviklet ved Harvard med henblik på hans doktorafhandling. Den primære motivation for dette arbejde var at hjælpe med at udvikle og let vedligeholde modeller PBPK (in) . Imidlertid blev syntaksen defineret bredt nok til at muliggøre numerisk opløsning af et stort sæt algebraiske og differentielle systemer . Muligheden for at udføre Monte-Carlo- simuleringer blev tilføjet fra starten til teamets videnskabelige forskningsbehov. Koden blev distribueret frit fra en universitetsserver . Efter drøftelser med Stuart Beal ved UCSF School of Pharmacy blev det besluttet at studere Bayesisk kalibrering af PBPK-modeller ved hjælp af simulerede Markov-kæder. Den tilsvarende kode blev udviklet af Maszle i samarbejde med Andrew Gelman , daværende professor i statistikafdelingen ved UC Berkeley. Yderligere udvikling af Ken Revzan tillod definition og bayesisk kalibrering af hierarkiske (multi-level) statistiske modeller. På tidspunktet for denne udvikling (omkring 1996 ) var disse muligheder unikke for gratis , let tilgængelig, effektiv og alsidig software . Siden da er softwaren regelmæssigt vedligeholdt og udvidet.

Distribuerede versioner

Version	Dateret
6.2.0	3. juni 2020
6.1.0	19. februar 2019
6.0.1	5. maj 2018
6.0.0	24. februar 2018
5.6.6	21. januar 2017
5.6.5	27. februar 2016
5.6.4	30. januar 2016
5.6.3	1 st januar 2016
5.6.2	24. december 2015
5.6.1	21. december 2015
5.6.0	16. december 2015
5.5.0	17. marts 2013
5.4.0	18. januar 2011
5.3.1	3. marts 2009
5.3.0	12. januar 2009
5.2 beta	29. januar 2008
5.1 beta	18. september 2006
5.0.0	4. januar 2005
4.2.0	15. oktober 2001
4.1.0	1 st august 1997
4.0.0	24. marts 1997
3.6.0
3.3.2

Licens

GNU MCSim er gratis software ; Det er muligt at omfordele det og / eller ændre det under vilkårene i GNU General Public License , udgivet af Free Software Foundation , enten under dets version 3 eller efter valg af personen under enhver senere version.

Tilgængelighed

Kildekoden (i C ) er gratis og kan kompileres på enhver maskine med en C- kompilator . Det anbefales, men ikke væsentligt, at først installere det videnskabelige GNU-bibliotek og libSBML- biblioteket (en) .

Bibliografi

(en) Frederic Y. Bois og Don R. Maszle, " MCSim: A Monte Carlo Simulation Program " , Journal of Statistical Software , bind. 2, nr . 9,3. november 1997( ISSN 1548-7660 , DOI 10.18637 / jss.v002.i09 , læs online [PDF] , adgang 26. oktober 2015 )

[138: 143-150] (da) Jonsson F. og Johanson Gunnar, " Den bayesiske befolkningstilgang til fysiologiske toksikokinetiske-toksikodynamiske modeller: et eksempel ved hjælp af MCSim-softwaren " , National Center for Biotechnology Information ,18. februar 2003( PMID 12559698 , læst online , adgang til 26. oktober 2015 )

[25: 1453-1454] (en) Frederic Y. Bois, “ GNU MCSim: Bayesian statistical inference for SBML-coded systems biology models ” , Bioinformatics (en) ,16. marts, 2009( DOI 10.1093 / bioinformatics / btp162 , læs online [PDF] , adgang 26. oktober 2015 )