Den vacuome er det sæt af organeller og vesikler, der vedrører indførsel, udførsel, sortere og transformation af molekyler , proteiner , etc. I planter er vakuoler også en del af vakuumet.
Vakuumet kan opdeles i to domæner, adskilt af Golgi-apparatet . På den ene side er det endoplasmatiske retikulum teatret for ensrettet trafik, nemlig: groft endoplasmatisk retikulum (RER) efterfulgt af det glatte endoplasmatiske retikulum (REL) efterfulgt af Golgi-apparatet igen. De sekretoriske produkter går aldrig i den anden retning og kan ikke gå op ad sekretærstrømmen, idet Golgi-apparatet udgør en barriere.
På den anden side af Golgi-apparatet er der et sæt vesikler i forskellige størrelser og funktioner. Primære lysosomer kan findes , transportblærer bestemt til vakuoler eller bestemt til eksport ud af cellen .
Et vigtigt aspekt af vakuumet er genbrug af vesikler. Faktisk mister organellen hver gang lidt af sin membranoverflade, når en vesikel adskiller sig fra den. For at undgå uendelig vækst af modtagerorganeller og hypertrofi af donororganeller er der et system til genbrug af membranerne, som, når de er tømt for deres indhold, genbruges i form af flade blærer og vender tilbage til fusion med startorganet, eller med cellemembranen.
Cellen er i stand til at opretholde den korrekte identitet af dens forskellige rum. Vesiklerne, der cirkulerer i cytosolen, smelter sammen med deres målmembran og uden andre. Denne meget præcise adressering er muliggjort ved tilstedeværelsen af unikke særlige inter-membranproteiner, som udgør ægte molekylære adresser.