De flagellater eller Flagellat (fra latin flagel = pisk) er organismer eukaryote encellede , som er udstyret med flageller , som de bruger til fremdrift.
Nogle flagellater er heterotrofe , dvs. de lever af organiske stoffer, andre er autotrofe og fotosyntetiserede . Atter andre er mixotrofe : undertiden heterotrofe, nogle gange autotrofe.
På grund af deres aktive bevægelse blev heterotrofiske flagellater tidligere klassificeret blandt dyr. Fototrofe flagellater, såsom Euglena gracilis , blev derefter klassificeret som en mellemform mellem dyr og planter. På nuværende tidspunkt tilhører flageller ikke dyr eller planter; de er protister .
I den klassiske klassifikation blev Flagellates adskilt i to taksonomiske grupper: