En kæmpe-virus eller girus (sammentrækning af den engelske kæmpe-virus ) er en type virus, der er kendetegnet ved en størrelse, der er større end 0,2 um og et dannet genom på mere end 300.000 bp .
Den hyppigste er virus forbundet med amøber såsom mimivirus inficere Acanthamoeba polyphaga , Mamavirus som inficerer Acanthamoeba castellanii eller Megavirus chilensis . Der er andre vira, der betegnes som "girus", især bakterielle vira, såsom fag G, der inficerer Bacillus megaterium eller " white spot syndrom " -virussen , der er ansvarlig for en sygdom i rejer.
Opdagelsen af kæmpe vira er nyere i virologiens historie . Hun havde virkelig sted i begyndelsen af det XXI th århundrede . Faktisk er vira historisk blevet identificeret og defineret som patogener, der er for små til at kunne filtreres, især af Chamberland-filteret ; kæmpe vira kunne derfor ikke passe ind i denne ramme. Den Holotypen af disse vira kvalificeret som giganter blev identificeret i 2003 af Marseille forskerhold ledet af Didier Raoult i en prøve af mikrobielle flora indsamlet et årti tidligere, i 1992, i det varme vand kredsløb af en engelsk hospital. Den første kendte kæmpe-virus blev opdaget gennem samkultur på amøbe . En analyse ved hjælp af mikroskopi-elektronik i amøbe Acanthamoeba polyphaga, det er muligt at observere strukturen af denne virus, der efterligner en mikrobe, for at aspektere en bakterie- skal-type Gram-positiv i Gram-pletten anvendt i optisk mikroskopi . De bakterier, der af Timoty Rowbotham, England anses for at være Bradford coccus , blev en virus. Dets navn er Mimivirus .
Den successive opdagelse af flere gigantiske vira i den sibiriske permafrost i 2010'erne har fået nogle forskere til at bekymre sig om genopblussen af virussygdomme i tilfælde af industrielle operationer i Sibirien.
På grund af deres størrelse inficerer gigantiske vira ikke deres mål ved klassisk endocytose som de mindre vira, der tidligere blev opdaget. De er faktisk phagocytosed . Kapsiden smelter derefter ved sit toppunkt med fagosommembranen og frigiver virusindholdet i cytoplasmaet; der, i stedet for at blive integreret i det cellulære arv, vil danne en overbygning kaldes en ” virion fabrik ”, der er specifikke for giruses. Sidstnævnte gør lysogeni i giruer usandsynlige til umulige.
I lang tid var nedgraderingen af vira fra levende enheder baseret på argumentet om, at de ikke kan inficeres. Imidlertid kan gigantiske vira selv inficeres af vira: virofager .
Linie A- mimivirus er udstyret med et slags forsvarssystem mod virofager, kaldet MIMIVIRE for virofagresistenselement mimivirus .
Ud over deres størrelse (op til 2,5 millioner basepar) er genomerne af gigantiske vira karakteriseret ved tilstedeværelsen af adskillige sekvenser svarende til gener, der koder for enzymer, der er involveret i forskellige metaboliske processer : transformation af næringsstoffer, lysopsamling, nitrogenmetabolisme, glykolyse , etc. Da vi finder meget lignende sekvenser i gigantiske vira fra fjerne familier, skal de nedarves fra fælles forfædre, opstrøms for deres fylogenetiske træ , stadig stort set ukendt.
Tre arter af kæmpe vira er blevet fundet i tre forskellige arter af chaetognaths (marine hvirvelløse dyr). Til dato er gigantiske vira, der vides at inficere metazoans , usædvanligt sjældne som nævnt i en artikel i Virology: Current Research (en) . I 2018 identificerede genanalyse af elektronmikroskopi-fotografier fra 1980'erne en kæmpe virus, der inficerede Adhesisagitta hispida . Multiplikationen af disse vira, kaldet meelsvirus , er nuklear. De omsluttede virioner (længde på 1,25 um) er sammensat af et ovoid nucleocapsid fastgjort til en kegle, der afsluttes med en hale. I 2019 viser genanalysen af andet tidligere arbejde, at strukturer, der var taget i 1967 for silke, der var til stede på overfladen af arten Spadella cephaloptera , og i 2003 for bakterier, der inficerede Paraspadella gotoi , faktisk var gigantiske vira med spindelform. Den virale art, der inficerer P. gotoi , hvis maksimale længde er 3,1 um, blev opkaldt Klothovirus casanovai [ Klotho er det græske navn på en af de tre Moires ( Fates for Latins), hvis egenskab var spindlen og casanovai til hyldest til prof. J .-P. Casanova, der afsatte en stor del af sit videnskabelige liv til studiet af chaetognaths]. Den anden art blev opkaldt Megaklothovirus horridgei (til ære for den første forfatter af 1967-artiklen). På et fotografi er en af M. horridgei- viraene , selv om de er afkortet, 3,9 μm lange, ca. dobbelt så lange som bakterien Escherichia coli , og dermed i vid udstrækning slå den tidligere rekord af en Pithovirus sibericum ekstraheret fra permafrost Siberian (2,5 μm lang) . Virus af familien Klothoviridae er indhyllet, og en membran af intracytoplasmatisk type kan observeres under et "kapsid" med lamellært udseende. Deres multiplikationssted er cytoplasmatisk. Det indre af virale partikler har områder, der er meget elektrontætte, og andre, der er lettere; derudover indeholder den mange ribosomer, hvis oprindelse stadig ikke er kendt (cellulær, viral eller kun delvist viral). De intracytoplasmatiske virale partikler af M. horridgei har allerede en spindelform i modsætning til dem af K. casanovai , hvilket antyder, at specifikke molekyler ville gøre det muligt at opretholde denne struktur. Til dato er genomerne af de tre virale arter, der inficerer chaetognaths, endnu ikke blevet sekventeret.
Giruser er en af formerne for det store nucleocytoplasmatiske virus (NCLDV), selvom logikken med at forbinde Pandoravirus til NCLDV er mere usikker for Jean-Michel Claverie et al.
Imidlertid fører genomiske og strukturelle undersøgelser til alvorligt at sætte spørgsmålstegn ved en sådan klassifikation baseret på magre morfologiske elementer såsom størrelsen af virionen alene eller arten af dens nukleinsyre (gigantiske vira, der indeholder både DNA og RNA , i modsætning til andre vira, der indeholder begge).
Der er en kontrovers om fylogenetisk filiation mellem bestemte giruer og mindre vira og derfor om eksistensen af et fjerde domæne af levende ting , de første tre svarer til eukaryoter, bakterier og arkæer.
Virologer mener, at udtrykket "kæmpe-virus" kun gælder for vira, der er synlige under optisk mikroskopi .