De 18S ribosomale RNA er ribosomalt RNA som udgør lille underenhed 40S af ribosomer af eukaryoter . Hos mennesker består det af 1.869 nukleotider . Det er homologen i eukaryoter af 16S ribosomalt RNA af prokaryoter . De gener , der koder for 18S rRNA kaldes 18S rDNA ( 18S rDNA ). Den sekvens af disse gener er meget udbredt i molekylær analyse at rekonstruere den evolutionære historie organismer, specielt hvirveldyr , for så vidt dets relativt langsomme evolutionære hastighed gør det muligt at etablere gamle genetiske forskelle.
18S-ribosomale RNA-gener er blandt de hyppigst anvendte i fylogenetiske analyser og er en vigtig markør for biodiversitetsvurderinger ved tilfældig polymerasekædereaktion ( PCR ). Ribosomale RNA-gensekvenser er generelt let tilgængelige, fordi de er omgivet af stærkt konserverede regioner, der tillader anvendelse af universelle primere . Deres gentagne arrangement over genomet tilvejebringer store mængder skabelon- DNA- sekvenser til PCR, selv i små organismer.
18S rRNA genet er en del af den funktionelle kerne af ribosomet og er derfor udsat for lignende selektive kræfter i alle organismer. Så når de første store fylogenetiske undersøgelser blev offentliggjort - første dyr fylogeni af Field et al. i 1988 blev dette gen set som den største kandidat til rekonstitution af det fylogenetiske metazoans træ . 18S rRNA-sekvenser afslørede efterfølgende divergensen mellem Ecdysozoa og Lophotrochozoa , hvilket bidrog til en af de seneste ændringer i vores forståelse af forholdet mellem metazoa.