Genforudsigelse
I bioinformatik , gen forudsigelse involverer identificere områder af DNA , der svarer til gener (resten er ikke-kodende ).
To tilgange
Forudsigelse om lighed
Lighedsmetoder, også kaldet homologi eller ekstrinsiske metoder, involverer brug af information uden for genomet til at finde gener. Mere præcist består disse metoder i at sammenligne den undersøgte sekvens med kendte sekvenser, samlet i databaser. F.eks. Anvendes sekvenserne associeret med udtrykte sekvensmarkører eller messenger-RNA'er .
Da sekvenserne kan være tæt, men sjældent ens, bruger vi også sekvensjusteringsalgoritmer , såsom Smith-Waterman-algoritmen eller BLAST- heuristikken .
Ab Initio forudsigelse
Ab Initio forudsigelser , også kaldet De Novo eller iboende , er metoder, der kun fungerer på selve sekvensen. Generelt er der to egenskaber, der gør det muligt at finde et gen:
- signaler, som er særlige sekvenser, der er karakteristiske for gener, for eksempel promotorer og stopkodoner ;
- Analyse af den statistiske sammensætning af sekvenserne. Selektionstrykket, der udøves på genomerne, inducerer tilstedeværelsen af sammensætningsforstyrrelser , der er forskellige afhængigt af karakteren af sekvenserne: exoner , introner , intergene regioner, heterochromatin ... Disse forspændinger kan anvendes efterfølgende til at forudsige, hvilken klassesekvens der hører til en givet region af genomet. Disse analyser er baseret på modellering af sekvenser med skjulte Markov-modeller, og forskningen er baseret på Viterbi-algoritmen .
Noter og referencer
-
Catherine Mathé , Marie-France Sagot , Thomas Schiex og Pierre Rouzé , " Nuværende metoder til genforudsigelse , deres styrker og svagheder ", Nucleic Acids Research , bind. 30, nr . 19,
2002, s. 4103-4117 ( læs online )
-
Hélène Touzet, " Præsentation: forudsigelse af gener " , om laboratorium for grundlæggende datalogi i Lille
eksterne links