Taxonomi
Den taksonomi eller taksonomi er en gren af naturvidenskaben (omdøbt biologi på XX th århundrede), som har til formål at beskrive mangfoldigheden af levende organismer og gruppere dem i enheder kaldet taxa til at identificere (herunder gennem identifikation nøgler ), beskrive dem , navn dem og klassificere dem .
Det udgør en undergren af systematikken, der først og fremmest har til formål at opregne og definere slægtskabslinkene mellem de forskellige levende organismer og klassificere dem i hierarkiske kategorier (f.eks. Slægter, familier, ordrer). Disse to discipliner er så tæt forbundne, at forskellen mellem taksonomi og systematik ikke altid er åbenbar.
Den moderne taksonomi, evolutionær, baseret på en fundamentalt fylogenetiske tilgang til klassificering , men taksonomier empiriske beviser analyse forblev lang ukendt for videnskaben før ankomst, i løbet af anden halvdel af det XX th århundrede, opdagelser molekylærbiologi .
I forlængelse heraf udtrykket taksonomi anvendes nu i andre videnskaber, såsom humaniora og samfundsvidenskab , information videnskaber eller computer science .
Ordet taksonomi kommer fra det græske τάξις ( taxaer ) "placering", "klassificering", "orden" og fra νομός ( nomos ) som betyder "lov", "regel"). Udtrykket blev oprettet i 1813 under stavning af taksonomi af den schweiziske botaniker Augustin Pyrame de Candolle (1778-1841) i sin Elementary Theory of Botany eller redegørelse for principperne for naturlig klassificering og kunsten at beskrive og studere planter. at i sin "klassifikationsteori" betegne både metoden og hvad han kvalificerede som "baser for filosofisk botanik" ( Mémoires et souvenirs , Book III, § 11). I den anden udgave, der blev offentliggjort i 1819, anså han stavningen af ordet taksonomi for forkert i sin oprindelige form og sagde: ”Det ville være mere korrekt at sige taksonomi; men jeg troede, jeg måtte indrømme sletningen af e for at gøre ordet kortere. " . Dette viser, at De Candolle faktisk afledte sin betegnelse taksonomi , ikke fra den nominative τάξις ( taxaer ), men fra dens genitiv τάξεως ( taxôs ).
Udtrykket taksonomi blev ratificeret i 1836 i Supplement to the Dictionary of the French Academy .
Den taksonomiske stavemåde blev anbefalet i 1864. Émile Littré , i sin ordbog for det franske sprog (version 1872-1877) specificerede, at ordet taxonomi eller taxionomi også kunne bruges, dannet på de græske etymon- taxier (rækkefølge). Den Grand Dictionnaire Terminologique , i Quebec , bekræfter, at taksonomi anbefales af flere forfattere overvejer "taksonomi" som "et sporing af engelsk taksonomi ", som er dog historisk falsk. Faktisk optrådte taksonomi først på engelsk under 1819 under indflydelse af fransk, seks år efter at den blev opfundet af De Candolle. Imidlertid fortsætter franske ordbøger med at sprede den fejl, at taksonomi- stavningen (De Candolle, 1813) svarer til den engelske taksonomi . Tværtimod hævder de fleste engelske ordbøger korrekt, at ordet taksonomi stammer fra fransk, og for TLFI optrådte engelsk taksonomi først i 1828 i Websters amerikanske ordbog .
Udtrykket taksonomi stammer ikke fra ordet taxon, sidstnævnte er et begreb, der dukkede op senere (et ord oprettet af botanikeren Herman Johannes Lam i 1948 ). Således er taxonomi ikke etymologisk studiet af taxa, men ordenens love, derfor klassificeringsreglerne . Nogle specialister gør en forskel i brugen, især inden for botanik , mellem den taksonomi, der, dannet på det græske etymon nómos (lov, regel), vedrører klassifikationsspørgsmål, og den taksonomi, der dannes på det græske etymon ónoma (navn), vedrører nomenklaturproblemer . Andre forskere bruger udtrykket taxionomi i deres arbejde, især i zoologi , for at navngive grupper af levende væsener. Ordet taksonomi bruges imidlertid og ofte til at navngive videnskaben om at beskrive taxa. Selv forfatterne, der går ind for brugen af udtrykket "taksonomi", taler ikke om "taxiner", men om taxa, med undtagelse dog af en specialist i entomologi, der påberåber sig den fransktalende formidling af viden og beklager indflydelsen fra engelsk. Andre sprog bruger udtryk svarende til "taksonomi", ikke "taksonomi"; Således skriver vi taxonomi på tysk, taxonomi på engelsk, taxonomía på spansk (castiliansk), taxonomia på portugisisk og catalansk, tassonomia på italiensk, таксономия ( taksonomiya ) på russisk osv.
I 1957 vedtog Academy of Sciences i Frankrig navnet "Taxonomy" for at betegne klassifikationsvidenskaben.
Udtrykket blev almindelig praksis i XXI th århundrede, enten i den oprindelige manuskript, taksonomi, selvom det etymologisk udfordres eller betragtes forkert, eller under stavningen rettet af Émile Littré , taksonomi med et "i", selv om, at man er bevidst modbevist. Udskiftningen af "o" med et "i" opfattes af nogle som purisme , der foretrækker udtrykket "taksonomi" ved at hævde et flertal, konsistens og et "prioritetsprincip".
Ordet ”taksonomi” bruges i bilagene til den tosprogede internationale kode for zoologisk nomenklatur (udgivet på fransk og engelsk ) i 1961 for den første udgave og i 1964 for den anden udgave.
Den franske tekst til den tredje udgave af Code international de nomenclature zoologique (1985) nævner udtrykket "taksonomi". I ordlisten er "taxonomi" defineret som "Teorien og praksis for klassificering af organismer; en del af systematikken, studiet af kategorierne af organismer og deres mangfoldighed ”.
Den franske tekst i den fjerde udgave af International Code of Zoological Nomenclature (1999) nævner de to udtryk "taxonomi" og "taksonomi". I ordlisten defineres "taksonomi eller taksonomi" som "Teori og praksis for klassificering af organismer".
I biologi er taksonomi uadskillelig fra systematik . Sidstnævnte defineres som studiet af mangfoldigheden og de evolutionære forhold mellem levende eller fossile organismer, det inkluderer naturligvis to komplementære komponenter, der er fylogenetik , det vil sige den disciplin, der er interesseret i genopbygningen af ' livets træ og taksonomi, der producerer formelle klassifikationer. Den måde, hvorpå taksonomi skal tage hensyn til resultaterne af fylogenetik, er også en kilde til livlige metodologiske og frem for alt filosofiske kontroverser.
I praksis betegner udtrykket "systematisk" både den anvendte metode (vi siger for eksempel den "fylogenetiske systematiske") og det resultat, der opnås med denne metode ("systematic of Agaricales "). I den konkrete følelse af resultatet er de to videnskaber ikke særlig forskellige og ofte forvirrede, fordi de praktiseres samtidigt af de samme mennesker. Taxonomer er altid blevet kaldt systematister, for efter at have studeret og beskrevet organismer forsøgte de helt naturligt at klassificere dem fra det lave artsniveau ( alfa-taksonomi eller "primær taksonomi").
De, der hovedsagelig bruger metoden (især fylogenetikere ), navngiver ofte resultatet "klassifikation" eller undertiden "taksonomi" ved misbrug af sprog, især i ikke-biologiske discipliner (se Taxonomi (tvetydighed) ).
Den første klassificering af planter er generelt tilskrives Theophrastus i slutningen af det IV th århundrede f.Kr.. AD , selvom dens historie af planter til dels tager teorierne fra Pythagorean School . Den første kendte klassificering af dyr var Aristoteles i afhandlingen af dyrenes historie . Den, der traditionelt præsenteres som "videnskabens far", låner sondringen fra Democritus ved at opdele dyr i to klasser, dem der har blod og dem der ikke har det (dyr med hvidt eller farveløst blod som han kalder lymfe). Han opdeler rødblodede dyr i fem klasser (vivipare firbenede, hvaler, fugle, ovipare firben og fisk) og hvidblodede dyr i fire (bløddyr, testaceans , krebsdyr og insekter).
Den naturforsker svenske Linné ( 1707 - 1778 ) lagde grunden til systematisk , og var forfatter til en klassifikation, hvis vigtigste principper var grundlaget for den videnskabelige systematiske indtil midten af XX th århundrede .
Selvom det, ligesom Jussieus metode , bruger binomiale navne og fortaler den "naturlige metode" i modsætning til Carl von Linnés "kunstige system" , afviger taksonomien, som de Candolle foreslår fra den, på grund af den betydning, som nedskæringerne giver. Mens natur for Linné og Jussieu “ ikke springer ”, insisterer Candolle på de diskontinuiteter, der ligger til grund for begrebet taxon , både enhed og nedskæring .
I klassisk systematik (undertiden kaldet "Linné") var den interne hierarkiske rækkefølge af taxa oprindeligt baseret på kriterier for "morfologisk" lighed og formodede tilhørsforhold. Selvom stærkt antropocentrisk og afspejler årsagerne til mangfoldigheden af levende ting ( Guds skabelse ) som vi troede de følgende 250 år, er det stadig i begyndelsen af det XXI th århundrede , en del af den fælles kulturelle baggrund alle naturforskere. Men efterhånden som viden skred frem, især fra Jean-Baptiste de Lamarcks og Charles Darwins arbejde , havde denne ordre hurtigt ambitionen om desuden at give et billede af udviklingen .
Antropocentrisme blev besejret med Charles Darwin , der anbefalede den 24. november 1859 (i Arternes oprindelse ) rent genealogiske klassificering . Hvis der har været evolution, skal arter klassificeres efter deres grad af evolutionær sammenhæng . Men det vil tage næsten et århundrede, før fjernelsen af polyfyletiske taxa bliver enighed. På den anden side gav divergerende fortolkninger af udtrykket "genealogisk" i Darwin, som patristisk afstand eller ellers som relativ tilbagevenden til den sidste fælles forfader , to modsatte intellektuelle strømme inden for taksonomi, henholdsvis evolutionisme og kladisme .
I anden halvdel af det XX th århundrede , den såkaldte systematisk fylogenetiske voksede fra en rekonstruktion metode, der var en smash udvikling: cladistisk indledt af Willi Hennig i 1950 . Denne metode er baseret globalt på evolutionære forhold, for hvilke det grundlæggende kriterium for klassificeringsvalget er, at det strengt skal afspejle fylogenien, det vil sige graden af sammenhæng mellem arter. Selve forestillingen om en sådan fylogeni er en konsekvens af evolutionsteorien , og den forudsigelige succes for fylogenetiske træer er et af bevisene for denne teori.
Vigtige fremskridt inden for genomik er blevet muliggjort af automatisk genetisk analyse og udvikling af computerværktøjer og modeller. De pålægger og tillader omdefinering af visse arter eller grupper af arter og vil give bedre viden og overvågning af arter.
Alle aktuelle klassifikationer er i form af et træ (arborescent klassificering), fra en rod inklusive alle levende væsener, der findes eller har eksisteret, til enkeltpersoner . Hver knudepunkt i træet definerer en taxon , der grupperer alle sub-taxaer, som noden genererer.
Et vigtigt og ret stabilt klassifikationsbegreb er arter . Denne gruppering er relativt veldefineret, i det mindste for avlsarterne .
Arten er defineret som et fællesskab af interfertile levende væsener (eller interfertile , stand til at gengive med hinanden), i stand til at udveksle genetisk materiale og producerer efterkommere selv frugtbar (ja, nogle individer af samme slægt , og som tilhører forskellige arter kan krydse til give en hybrid person , men denne er oftest steril). I tilfælde af strengt aseksuel multiplikation taler vi forkert om arter i stedet for afstamning , hvor gruppen derefter er rent fylogenetisk. Tilfældet med enheder, der grænser op til levende ( vira , prioner ) er stadig anderledes; de er generelt udelukket fra klassifikationer. En anden vanskelighed at citere er strenge symbioser , såsom lav (som kombinerer en organisme af svampenatur og en organisme, der er i stand til fotosyntese, af plantens natur), men generelt er en af de to partnere i stand til at leve uden s ' forbinder med den anden, og vi kan klassificere dem i to forskellige arter, med det karakteristiske ved, at en af de to arter ikke er i stand til at overleve uden den anden.
Beskrivelsen af en ny art udføres af en taksonom baseret på den nuværende viden på basis af tilgængelige data og analyseværktøjer. Denne beskrivelse kan bringes i tvivl af en anden specialist, der ikke deler den samme opfattelse, eller ved opdagelsen af nye analysemetoder.
Arter er navngivet efter den binomiale system i brug første gang ved Guillaume Rondelet og Pierre Belon i XVI th århundrede og generaliseret af Carl von Linné i attende th århundrede . Det videnskabelige navn på en art er kombinationen af to latinske ord eller anses for at være latin (op til tre i nogle discipliner for en underart, sort eller form), der normalt er skrevet med kursiv : et navn på slægten efterfulgt af en eller to specifikke epitel.
Under slægtsrangering kaldes alle taxa-navne kombinationer. Der er flere kategorier af kombinationer:
Den nuværende fylogenetiske tilgang bruger data fra kladistik , men dens krav er begrænset til kun at acceptere monofyletisk taxa , det vil sige svarende til en given klade . Det anmoder om, at taxa begrænses til dem, der opfylder følgende to betingelser:
Vi taler derefter kun om en monofyletisk eller kladetaxon. Denne begrænsning har medført grundlæggende ændringer i videnskabelig klassificering, hvoraf nogle vælter "sund fornuft" formet af kulturarv. Således er dinosaurer ikke forsvundet , moderne systematik inklusive fugle i grupperingen "dinosaurer".
Blandt andre eksempler har traditionelle taxaer som krybdyr , fisk , alger , dicotyledoner , pongider ikke ret til at blive citeret i fylogenetisk systematik, fordi de betragtes som polyfyletiske (multiple oprindelser) eller parafyletiske (ufuldstændige) ( dicotyledons er blevet erstattet af tokimbladede sandt ). Andre overlevede med nogle eftervirkninger, såsom svampe . Endelig har nogle klaret stormen som dyr ( metazoans ) eller pattedyr . Bemærk, at der ikke var noget åbenlyst, at alle flercellede dyr deler en fælles forfader, der adskiller dem fra enhver plante eller svamp.
Bortset fra det forbliver dens struktur grundlæggende Linnea og dens nomenklatur (dvs. navnene selv) også.
Der er flere tekniske tilgange til konstruktion af fylogenetiske træer.
Ifølge publikationerne finder vi den dag i dag alle typer klassifikationer, fra den traditionelle klassificering, der næppe er blevet revideret, til strengt kladistiske klassifikationer uden taksonomiske rækker, herunder forskellige blandinger, for eksempel at holde de taksonomiske rækker, men tilpasse sig kladerne , eller post-fylogenetiske behandlingsmetoder, der automatisk fremhæver de udviklende karakterer .
Praksis disciplinen udvikler sig i retning af en integrativ videnskab ved at give udtryk for prøveopsamling på området, i forskellige dele af verden med et værk af beskrivelse i laboratoriet , der forbinder de traditionelle metoder ( morfologi , økologi , etc. ), og metoderne. nyere molekylær ( molekylær stregkodning ).
Fremskridt inden for genetik og bioinformatik gør det også muligt at fremme taksonomi, hvilket også resulterer i hyppige revisioner og opdateringer, som undertiden finder sted i alternative, mere samarbejdsvillige og reaktive former for videnskabelig offentliggørelse.
Derudover er undersøgelsen af bakteriel biodiversitet eller af mikrobielle arter i jorden eller havene kompleks og kræver - ud over nye metoder inden for metagenomik ( mikrobiel DNA-stregkodning ) - et samarbejde mellem mange specialister spredt over hele verden. .
Naturalister har udviklet værktøjer til samarbejde og deling med for eksempel Tela botanica (for botanikere ) og for nylig European Journal of Taxonomy (EJT). Det er et internationalt videnskabeligt tidsskrift med beskrivende taksonomi, understøttet af et WCY-konsortium (af naturhistoriske museer og botaniske haver ), udgivet på engelsk, i elektronisk format, under Open Access- licens, under Creative Commons-licens (3.0), dvs. åben adgang, gratis offentliggørelse og gratis konsultation. Den beskæftiger sig med zoologi , entomologi , botanik og paleontologi . Artiklerne er originale værker, der skal opfylde kriterier af høj kvalitet med hensyn til videnskabeligt indhold og form (stil, illustrationer osv.). Tidsskriftet er europæisk, men emnerne kan vedrøre alle arter, uanset deres oprindelsesland. Taxonomiske revisioner, monografier og tematiske artikler eller meningsartikler kan således deles bedre og hurtigere.
: dokument brugt som kilde til denne artikel.